Наряду с янтарем и жемчугом черный непрозрачный гагат является органогенным камнем. Его происхождение связано с деятельностью живых организмов. Гагат представляет собой разновидность бурого угля, образовавшегося из хвойных деревьев семейства Араукариевые в Палеозойскую эру. Другими словами, гагат — разновидность каменного угля. За способность электризоваться в результате трения его называют также «черным янтарем». Месторождения гагатов существуют на Кавказе, в Крыму, на территории Северной Ферганы, в Англии, Испании, Франции, Германии и на территории штатов Юта и Колорадо в США.
Согласно Плинию, название камня происходит от города или реки Гагас в Ликии. В старину
гагат был известен также как «гишер»  или как «черная яшма».